交通工程系设运输教研组、高铁客乘教研组及物流教研组，主要承担铁道运输服务、城市轨道交通运营服务、国际货运代理专业的教育、教学和教研任务。

交通工程系始终坚持“以学为本，服务社会”的精神，积极开展理实一体化教学改革，深入推进产教融合，与福州车站等铁路站段开展校企合作，建立校外实训和产学研基地。教学团队在国家级教学能力比赛中获奖1次，省赛获奖4次，学生获得技能大赛国家级奖项8人次，省级奖项16人次。近五年培养学生参加中职学业水平考试取得优异成绩，共培养本科生58人，专科升学率达到95%以上。

2024年系工会小组被福建省总工会授予“福建省五一先锋号”荣誉称号。